El microarreglo prenatal se utiliza para ayudar a determinar la causa de anomalías detectadas por ultrasonido asociadas a enfermedades congénitas y de inicio temprano. Se pueden detectar todas las enfermedades monogénicas, incluso en las primeras etapas del embarazo. Permite la detección a nivel genómico de aberraciones estructurales conocidas y novedosas, variaciones en el número de copias (CNVs), desequilibrios cromosómicos, regiones con pérdida/ausencia de heterocigosidad (LOH), disomía uniparental (UPD) y mosaicismo.